Hija de Eduardo Fernández y de Ofelia Wilhelm, nació el 19 de febrero de 1953 en Ringuelet (provincia de Buenos Aires), descendiente de españoles por su padre, y de alemán y española por su madre. Cristina es la hija mayor del matrimonio Fernández-Wilhelm. Su única hermana, Giselle, es dos años menor y es médica en La Plata.
Cristina realizó los dos primeros años de sus estudios secundarios en el ex Colegio Comercial San Martín (actual Escuela de Educación Media 31) de la ciudad de La Plata y los tres últimos en el Colegio Nuestra Señora de la Misericordia, de la misma ciudad.
Luego realizó sus estudios universitarios en la Facultad de Ciencias Jurídicas y Sociales de la Universidad Nacional de La Plata en 1973. Allí inició su militancia política en el Frente de Agrupaciones Eva Perón) (FAEP), una organización estudiantil ligada a las Fuerzas Armadas Revolucionarias, que ese mismo año se fusionó con la Federación Universitaria por la Revolución Nacional para constituir la Juventud Universitaria Peronista de la Universidad de La Plata.
En este contexto, en octubre de 1974 conoció a Néstor Kirchner, ya que ella era compañera de estudios de la novia de un compañero de estudios de él. Ambos formaron parte de la Juventud Universitaria Peronista, y tras seis meses de noviazgo se casaron el jueves 8 de mayo de 1975.
El golpe de Estado a María Estela Martínez de Perón y la posterior asunción del autodenominado Proceso de Reorganización Nacional volvía a la militancia política un gran riesgo, por el cual la pareja resolvió trasladarse a la ciudad natal de Néstor, Río Gallegos. Muchos de sus compañeros de militancia resultaron asesinados o desaparecidos.Una vez instalados en la Patagonia, ambos se dedicaron a la actividad privada como abogados, formando el estudio jurídico Kirchner. Él ya estaba recibido, a ella le faltaban tres materias al momento de viajar a la provincia, recibiéndose en 1979.
El matrimonio tuvo dos hijos: Máximo y Florencia Kirchner.
El 27 de octubre de 2010 falleció su compañero Néstor de un paro cardiorrespiratorio no traumático. Durante el funeral se la vio rodeada de sus familiares más cercanos a la vez que cientos de miles de personas ingresaron hasta la Casa Rosada para rendirle homenaje.
